A KRÉTA e-Ügyintézés alkalmazás intézményi felületeinek működésének szabályozása a bal oldali panelon található 
- menüpont kiválasztásával kezdeményezhető.
A beállítások szekciókra bontva végezhetők el. A beállítások témakörei (szekciói), amelyekben rögzíthetők a működési paraméterek:
- Intézményi adatok
- Ügyintézés (ügyintézők és teendők beállításai)
- Üzenetek (az üzenetek beállításainak a megtekintéséhez kattintson a linkre)
Az intézményi adatok beállításainál a beállítások megadása előtt jelölőnégyzetben történő pipálással meg kell adnunk a feladatkört (feladatköröket), amelyekre a beállítások vonatkozzanak:
Bármelyik feladatkör bejelölése esetén, a bejelölést követően megnyíló ablakban állíthatók be az intézményben működő tagozatok. Új tagozat felvétele az 
- gombra kattintva vehető fel (bővíthető a tagozatok táblázat sorai). A választható oszlopban jelölőnégyzetben történő bejelöléssel szabályozható, hogy az adott tagozat kiválasztható legyen-e a kérelmezői oldalon a beiratkozás folyamatában vagy sem. A megadott tagozatot a 
- gombra kattintva tudjuk rögzíteni illetve a már rögzített tagozatokat pedig a 
gombra kattintva tudjuk eltávolítani a tagozatok listájából.
Az Ügyintézés - menüpontban beállítható jellemzők:
- Intézményi értesítési email cím (ahová a rendszer az új vagy hiánypótlás után beküldött ügyekről az értesítést küldi)
- Ügytípusok automatikus ügyintézőhöz rendelések beállításai
- Automatikusan végrehajtható teendők beállításai
Az intézményi értesítési email cím, ahová a rendszer az új vagy hiánypótlás után beküldött ügyekről az értesítést küldje a szövegmezőbe írható be a mező szerkesztésre történő megnyitását követően. A megadott email címet a - gombra kattintva tudjuk rögzíteni illetve a már rögzített email címet pedig a gombra kattintva tudjuk eltávolítani a tagozatok listájából:
Az ügytípusok automatikus ügyintézőhöz rendelések beállításainál az adott ügytípuskód sorában legördülő menüből választható ki az az ügyintéző, aki az adott típus folyamat alapértelmezett ügyintézője. A kiválasztott ügyintézőt a - gombra kattintva tudjuk rögzíteni illetve a már rögzített ügyintézőt pedig a gombra kattintva tudjuk eltávolítani az ügyintézők listájából:
Az automatikusan végrehajtható teendők beállításai során jelölőnégyzetben történő bepipálással állítható be a megadott ügytípusoknál, hogy a folyamat automatikusan legyen-e végrehajtva a KRÉTA-rendszerben vagy sem. Ha a felhasználónak van megfelelő jogosultsága és a feladat még nincs készre jelölve a teendők-listában, akkor pozitív döntés esetén a rendszer automatikusan elvégzi a feladatot. A végrehajtandó feladatot a - gombra kattintva tudjuk rögzíteni illetve a már rögzített feladatot pedig a gombra kattintva tudjuk eltávolítani a feladatok listájából:
Amennyiben az Aláírva kell beküldeni jelölőnégyzet bepipálásra került az ügyek beállításánál, akkor a kérelmezői oldalon az alábbi figyelmeztető felirat jelenik meg:
Az Üzenetkezelés funkció beállítása az Üzenetek - fülön történik, ahol a jelölőnégyzet bepipálásával engedélyezhetjük illetve a pipa kivételével kikapcsolhatjuk az üzenetküldési funkciót (az alapbeállítása a programnak a funkció engedélyezése).
Az Üzenetküldési engedélyek táblázatban (mátrixban) a sor végén található szerkesztő ikonra kattintva tudjuk az üzenetküldés Küldő és Fogadó irányait beállítani:
